“疱疮”是20世纪前存在的传染病，是在江户时代屡次流行的天花。疱疮神社位于上野原的塚场地区，是为了祈祷天花不要传入上野原村（当时）而建立的。
江户初期，有位在各地旅行的老媪昏倒在塚场地区，因为感念当地人对自己的照顾，她临终前留下话说，“如果祭祀疱疮神，一定能躲过瘟疫”。人们前往老媪的出生地，从祭祀疱疮神的汤尾峠（现在的福井县南越前）的疱疮神社迎接分神，于江户时代的万治4年（1661）建造了这座神社。
神社里供奉着被称为“疱疮婆”的老媪的小木像（平常不公开。有时会特别公开）。