据传东光寺创建于平安时代末期，是作为“兴国院”开设的甲斐源氏的祖先源义光（新罗三郎义光）祷告用的寺院。
镰仓时代中期，由南宋远道而来的僧侣兰溪道隆开山中兴，作为临济宗的寺院而复兴。当时寺名改为“东光寺”。 盘踞此地的甲斐源氏等迎接了被当时的政权放逐出镰仓，流放到甲斐的道隆。禅宗庭园据说是由道隆设计的，被指定为县文化财产。此外，东光寺还留存着道隆的书简。
这里在战国时代曾因为被武田信玄定为“甲府五山”其中一寺而繁盛过。与武田家渊源深远，院内还留有信玄的长子义信和信玄的侧室诹访姬父亲诹访赖重的墓地。
佛殿（药师堂）被认为是16世纪中期室町时代的建筑物，被指定为日本国家重要文化财产。武田家、织田信长在甲斐善光寺设本阵，烧毁了东光寺，但佛殿得以幸存。第二次世界大战时也曾遭遇过甲府大空袭，但再次奇迹般地幸免于难。佛殿的柱子上残留着织田军闯入时的刀伤