位于正殿右侧的祖师堂，是祭祀日莲圣人的佛堂。日莲圣人留下了“今生至未来，心栖身延山”的语言，因而此佛堂被认为是祖师灵魂栖息之地，入口处挂着“棲神阁”的匾额。正殿在1875（明治8）年被大火烧毁，祖师堂也被付之一炬，但于6年后的1881（明治14）年，使用江户时代变成废寺的鼠山（现东京都丰岛区目白）感应寺的木材重建。进入佛堂后，中间是佛龛，安置着日莲圣人的雕像，左右是祖师父母的灵牌和直系弟子六老僧的雕像。此外，屋内悬挂的“立正”的匾额源于日莲圣人立正大师的法号，是1931（昭和6）年昭和天皇御赐的。