妙石坊位于日莲大圣人御庙所的后面，也位于通往奥之院的里参道入口，过去是通往七面山的入口。妙石坊由学禅院日逢上人于文禄年间开设，以前被叫做妙石庵，1862（文久2）年改为现在的名称。这里有祖师堂，供奉着元禄年间从江户的信者捐献来的唐铜日莲圣人像。祖师堂的丸堀天井出自江户后期有名的雕刻家小泽半兵卫之手。寺内还有据说日莲圣人宣讲佛法时曾坐过的“高座石”，传说日莲圣人坐在这块石头上布教时，七面大明神受圣人的召唤以龙的姿态出现，飞到了七面山。