佛教中有从“空”、“无相”、“无愿”三个境界解脱后醒悟“涅槃”的教义。久远寺把正殿设为涅槃之地，所以正殿正面伫立的门取经过三解脱到达涅槃之意，名为“三门”。正面宽23米、纵深9米、高21米、榉树建造的巍峨的门与京都的南禅寺、东福寺并列“日本三大三门”之一。初代的门建于1642（宽永19）年，在悠悠历史中被烧毁，于1907（明治40）年被重建。楼上供奉着释迦如来像和16尊罗汉像。此外，门上挂着的“身延山”匾额是79世日慈上人的笔墨。