作為供奉觀世音菩薩的寺院而建成。1633（寬永10）年應郡內領主秋元泰朝的要求，改信曹洞宗。歷經三代治理郡內的秋元時代留下許多建築並保存在圓通院內，其中的梵鐘和石橋是都留市的指定文化財產。
石橋為曾經建在家中川上、俗稱「五石橋」的五座橋之一。五石橋在昭和時代被一一破壞，現在只有移築到圓通院池塘上的「元坂石橋」得以修復，保留了當時的面貌。
梵鐘為1686（貞享3）年在日光東照宮為德川家康墓地進行鑄造的鑄物師所作。戰時多數的鐘被重製為武器，此處的梵鐘為少數能逃離徵收命運的鐘之一。