建於奈良時代的722（養老6）年，據說為行基所創的一座古寺。1370（應安3）年に足利義滿的兒子觀道上人入山，命甲斐國守護的武田信成建寺，並將大藏經（佛教聖典的總集）供奉給五重塔，為寺名的由來。從那時起就成為了武田家的祈願寺，武田家的守護神「將軍地藏」至今仍供奉於此。
江戶時代由德川家復興，據說德川家康念持佛像（供奉在身邊的佛像）的「三面大黑天」及「權限堂佛櫃」，至今仍保留在寺內。由於這座寺廟的位置是從甲府城到鬼門，所以據說甲府城在每個月的17日都會為武運昌隆而進行祈願參拜。
1516（永正13）年武田信虎與駿河勢的「萬力戰役」開始，創建以來曾多次遭受火災，現在的寺殿為從天保至安政時代重建的。寺內收藏多數文化財產，其中由觀道上人奉納的佛畫等四件為山梨縣的文化財產，而室町時代繪製的「絹本著色涅槃圖」則被指定為國家重要文化財產（均不對外公開）。
位於寺院後方的大藏經寺山是山梨縣百座名山之一，因這座寺院而得名。境內物部神社的後方，則為登山道的入口。