妙石坊位於日蓮大聖人陵墓的後方，是繼續前往奧之院的裹參道入口，過去也是七面山的正面玄關。妙石坊是學禪院日逢上人在文祿年間建成的，從前叫做妙石庵，1862年（文久2年）改成現在的名稱。裡頭有祖師堂，供奉元祿年間江戶的講中(參拜團)捐獻的唐銅日蓮聖人雕像。祖師堂出自江戶後期的著名彫刻家小澤半兵衛之手，天花板為圓形雕刻。寺內有一塊據說是日蓮聖人講經坐過的「高座石」。傳說日蓮聖人坐著講述佛法時，七面大明神在聖人催促下以龍的形象現身，然後往七面山方向飛去。