佛法教導人們從「空」「無相」「無願」三種境地尋求解脫，以達到覺醒（涅槃）。久遠寺的正殿代表涅槃世界，因而正殿前方的門被稱為「三門」，意味著透過三種解脫達到涅槃。此門寛23 m、深9 m、高21 m，完全由櫸木製成，雄偉非凡。與京都的南禪寺、東福寺並稱「日本三大三門」。第一代三門建於1642年（寬永19年），但在其漫長的歷史中毀於祝融，於1907年（明治40年）重建。門樓上供奉著釋迦如來佛像和16尊羅漢像。另外，門上掛有「身延山」扁額，是第79代日慈上人的真跡。