原名妙福庵，本來是真言宗的道場。1297年（永仁5年）六老僧（日蓮聖人臨終時指名的6名弟子）之一的日朗上人與南部實長公前往七面山參拜時曾於此下榻，向住持解說法華經，使其改信奉法華經，於是後來改稱妙福寺。妙福寺在第17代日照上人時期，將代代傳承管理的七面山捐予久遠寺，此後敬慎院七面大明神房司的鑰匙便交由妙福寺管理。依照慣例，敬慎院新上任的別當(掌管寺務者)首先須前往妙福寺參拜，領取鑰匙後才正式任職於七面山，因此妙福寺被稱做「代管鑰匙的妙福寺」。現在的正殿是1854年（安政元年）重建的，供奉有日朗上人手製的子安鬼子母神像。