身延山寶物館位於久遠寺正殿地下，收藏有久遠寺的寶物與貴重的史料，且不定時展出。這些寶物及史料統稱「身延文庫」，包括畫家藤原親康於西元1281年（弘安4年）繪製的日蓮聖人肖像「波木井（水鏡）御影」，以及第2代日向上人以來先師們的手抄經典，還有分別被列為國寶的「夏景山水圖」、重要文化財的「宋版禮記正義」、「本朝文粋」、「釋迦八相圖」、山梨縣指定文化財「繡佛十六羅漢圖」、武田信玄捐獻的「明版法華經」等等。因為是日蓮宗總寺，特別有許多僧侶與信徒捐獻寶物。在常設展覽外，每年還舉辦多次特別展，館內也可體驗抄寫經文。