「疱瘡」とは20世紀まで存在した伝染病で、江戸時代にたびたび流行した天然痘のことです。上野原の塚場地区にあるこの神社は、疱瘡が上野原村（当時）に入ってこないようにと建立されました。
江戸初期に諸国を巡っていた老婆が塚場地区で倒れ、地域の人々の看病に感謝した老婆は「疱瘡神を祀れば必ず、疫病から逃れられる」と言い残して亡くなりました。人々は、老婆の出身地で、疱瘡神を祀っている湯尾峠（現在の福井県南越前）の孫嫡子神社から疱瘡の神を迎え、1661（万治4）年にこの神社をつくりました。
神社には「疱瘡婆さん」と呼ばれた老婆の小さな木像が祀られています（普段は非公開。特別公開される場合もあります）。