本堂の右側に立つ祖師堂は、日蓮聖人を祀る御堂です。日蓮聖人は「今生より未来際までも心は身延山に棲むべく候」との言葉を残していることから、この御堂は祖師の精霊が棲む場所とされ、入口には「棲神閣（せいしんかく）」の額が掲げられています。本堂が焼失した1875（明治8）年の大火で、祖師堂も焼失しましたが、6年後の1881（明治14）年、日蓮聖人600遠忌に江戸時代に廃寺となった鼠山（現・東京都豊島区目白）感応寺の材木を使い、再建されました。御堂に入ると中央に厨子があり、日蓮聖人の像、左右に祖師の両親の霊牌と直弟子六老僧の像が鎮座しています。また建物内に掲げられている「立正」の額は、日蓮聖人の立正大師号にちなんで、1931（昭和6）年に昭和天皇より賜ったものです。