当初は天台宗の寺院で、付属のお堂が富士山の二合目である鈴原（すずはら）にあったとされています。富士山来迎阿弥陀三尊像を安置し、富士道場と呼ばれました。その後、1298（永仁6）年に時宗寺院として出発しています。火事や雪代（ゆきしろ、雪崩をきっかけに発生する土石流災害）の被害を度々受けたことから、1572（元亀3）年現在地に移転しました。
富士信仰と深い関係を持ち、富士登拝者は西念寺精進場で身を清めてから、登拝しました。また、江戸時代、吉田御師の多くは西念寺の檀家となっていました。