この地域の9つの村をかつては「熱那の庄」といい、熱那神社はその総社であったといわれています。現在は旧村山三ヶ村の総鎮守として祀られ、例年4月29日に春季例大祭が行われています。
武田信玄や徳川家康も神領を寄進している由緒ある神社で、江戸時代から奉納されてきた太々（だいたい）神楽は北杜市の指定無形民俗文化財です。
境内の東側にある桜の古樹はエドヒガンで、北杜市の天然記念物に指定されています。