現在の釈迦堂・納牌堂は1981（昭和56）年に完成したものです。地上6階建てで1階から5階までが納牌堂、6階が釈迦殿になっており、全国の信者が納めた分骨や位牌が安置されています。また仏殿とつながる地下通路も整備されています。かつての釈迦堂は1651（慶安4）年に建立されましたが、1824（文政7）年に焼失、その後、1876（明治9）年に再建されましたが、1985（昭和60）年の本堂再建にあたり、釈迦堂は現在の建物に移されました。