奥之院には日蓮聖人が植えたと言われる杉の木が4本残っており、身延町指定文化財に指定されています。これらは聖人が両親と恩師である道善坊の迫善への報恩のため、また立正安国を祈念して植えられたものと伝わっています。開基堂から仁王門へと階段を登る際、階段の右側には「御父妙日尊儀菩提の杉」、左側には「御母妙蓮尊尼菩提の杉」が立っています。さらに階段左側の木立の中には「立正安国祈念の杉」が立ち、境内の右側には「御師範道善坊報恩の杉」が確認できます。いずれの杉も樹齢700年を超える巨木です。