日蓮大聖人御廟所の裏手にある妙石坊は、奥之院へと続く裏参道の入口、そしてかつては七面山への表玄関でもありました。妙石坊は学禅院日逢上人が文禄年間に開いた場所で、かつては妙石庵と呼ばれていましたが、1862（文久2）年に現在の名称に変わりました。この場所には祖師堂があり、元禄年間に江戸の講中からの寄進で造られた唐銅日蓮聖人像が祀られています。祖師堂の丸堀天井は江戸後期の名工として知られる彫刻家、小沢半兵衛の手によるもの。境内には、日蓮聖人が腰かけて説法をしていたと言われる「高座石」が残されており、この石に座って日蓮聖人が布教をしていたときに七面大明神が聖人に促されて龍の姿で現れ、七面山の方に飛んで行ったという伝説が残っています。